1999年，主演动作片《生死谍变》，饰演朝鲜特工。
2001年，与张柏芝合作影片《白兰》，该片获得韩国电影大钟奖评审团特别奖。
2002年，崔岷植与全度妍、朱镇模主演《快乐到死》，饰演银行职员民基。同年，与安圣基、孙艺珍主演了由林权泽执导的传记片《醉画仙》，获得金棕榈奖，2003年戛纳电影节最佳导演奖，塑造了16世纪韩国天才画家张承世的艺术形象。
2003年，崔岷植与韩国黑色类型片导演朴赞郁合作推出了“复仇三部曲”第二部的惊悚片《老男孩》，获戛纳电影节评委会大奖，包揽了大钟奖、青龙奖、百想艺术大赏三个颁奖礼的最佳男主角奖。
2004年，主演影片《当春天来到》，同年参演了战争片《太极旗飘扬》，饰演朝鲜人民军人。
2005年8月，崔岷植与李俊丘、徐慧林主演动作片《哭泣的拳头》，饰演在街头上挨打为生的拳手姜泰植，与柳承范饰演的少年教导所柳相换为了最后的希望挑战新人王决赛，向成龙致敬。该影片由于提前在韩国上映，因此失去了参加戛纳竞赛单元的资格，但获得了“导演双周”单元“评论家协会奖”，被韩国媒体誉为年度十部最佳影片之一和“2005年第一部亚洲影片”。同年，崔岷植与朴赞郁再次合作“复仇三部曲”的完结篇《亲切的金子》，被女主角李英爱饰演的金子用尽心机复仇。
2008年10月，主演及执导了与中国中博影视合作的第一部电影《喜马拉雅：风驻足之处》，扮演了一名叫做CHOI的中年男子。
2010年，与李秉宪主演惊悚片《看见恶魔》，饰演变态连环杀人恶魔，该影片获得第29届布鲁塞尔国际奇幻电影节竞赛单元的金乌鸦大奖和百想电影部门大奖。
2011年，与河正宇主演了由尹钟彬执导的犯罪题材影片《与犯罪的战争：坏人们的全盛时代》，凭借该片获得第6届亚太电影大奖最佳男主角，第33届韩国青龙电影奖最佳男主角和第21届韩国釜日电影奖最佳男主角。
2013年，崔岷植与黄政民、李政宰主演了由朴勋政执导的动作片《新世界》，在片中饰演警察署的老刑警，与出演黑帮“二头目”的黄政民和身为警察“内线”的李政宰争斗，该影片获得第34届韩国电影青龙奖和第49届韩国百想艺术大赏。
2014年7月30日，主演了由金韩民执导的动作历史片《鸣梁-漩涡之海》，该影片改编历史上1597年的“鸣梁之役”，扮演一代名将李舜臣。同年，与斯嘉丽·约翰逊、摩根·弗里曼主演了由法国导演吕克·贝松执导的以台北为背景的科幻动作片《超体》，饰演大反派。《鸣梁：旋风之海》与《超体》分别获韩国北美票房冠军，崔岷植成为了史上第一个出演的两部影片同时在韩国和北美夺得票房冠军的韩国演员。
